冷玉萱等了一夜，林子阳清晨打来电话请假，说自己在外地做手术。冷玉萱责怪他违反军纪，责令他马上返回。林子阳用休假做借口，不肯回到部队。冷玉萱带了两名纠察队同志去了江州中心医院押回林子阳。
林子阳和江州中心医院的院长谈好条件，以后每周末都到他们医院做手术。院长要求林子阳到他们医院来工作，林子阳无奈入了伍，当了兵，又不能随意转业。院长只好眼看着冷玉萱带人押走了林子阳。
返回军区医院之前，冷玉萱语重心长的规劝林子阳安心在部队医院工作，并且一语中的说出了林子阳心中的想法。
林子阳被正式任命为外一科副主任，任命会上，政委宣布了任命状后，林子阳却站起来告诉大家，他要申请转业，不留在医院工作了。任命会不欢而散。
恬恬见林子阳非常关心病人，开心的邀请林子阳一起参加明天晚上单位几个年轻同事的聚会，林子阳痛快的答应了恬恬的邀请。
聚会上，大家对冷玉萱大家赞扬。林子阳对医院的轮转制度非常不满。林子阳借着酒劲发出了豪言壮语，邀请两位军医大学的研究生和他一起开创一片天地，做出一番事业，他决定在这里不走了。
外一科的几位领导因为林子阳的轮转问题发生分歧，冷玉萱坚决不同意林子阳去其他科室轮转，而秦副主任却坚持要按照医院规定要林子阳去轮转。双方一时争论不休。
公司里的“小女人”杨娜是陈海峰的“小粉丝”，成功、成熟的男人一直是她追逐的对象。由于工作需要，陈海峰为她就近安排了新的住处，使杨娜心中暗喜。
林子阳在查房的时候，提出了很多外一科室存在的问题，令两位主任对林子阳都有很大的意见。两位主任到院长那里要求让林子阳按照医院制度轮转，院长开导他们要团结，不同意让林子阳去其他科室轮转。
林子阳因为当众指责了冷玉萱而去向她道歉，而冷玉萱却丝毫不接受林子阳的道歉，反而教训他不该说话太过咄咄逼人，冷玉萱赶走了林子阳，令林子阳自讨了没趣，转身离开。
杨娜搬到了陈海峰为她准备的新局，看着宽敞明亮的新居，杨娜心里欣喜若狂。冷玉萱因为林子阳的事情心里不愉快，并把不愉快带回了家里，令陈海峰也十分不快。
外一科的工作会议上，林子阳的直率得罪了很多人，也让很多人面子上下不来台。尤其是秦副主任，对林子阳的意见很大。
医院常委会会议决定让林子阳参加医院的轮换制度，这一决定势必引起林子阳的不满，大家还是决定让冷玉萱去通知林子阳，冷玉萱对这个任务十分不甘愿。
恬恬为和林子阳一起值班，特意和其他班的护士调换了值班表。
冷玉萱通知了林子阳医院的的轮转决定，林子阳认为这是领导和科室其他同事对他的报复。林子阳去找院长理论，却在门外听见了各科室都不愿接收他的意见。
陈海峰的对头王总企图从杨娜下手搞到陈海峰公司的商业秘密，杨娜因为男朋友被绑架，无奈拨通了王总的电话。
海归派军医第3集剧情介绍医院来了一名下成骨肉瘤也就是骨癌的病人，刘主任带全科医生研究病情后决定进行截肢手术。这时林子阳看了病人的病志后请求自己为病人做手术并且提出病人可以不必截肢的看法。秦主任坚持截肢的意见，接诊这位病人的汪医生不愿得罪大家，让领导决定。
林子阳同意去其他科室轮转，但是前提条件就是要亲自做这个手术。秦副主任和林子阳发生了激流的争吵，刘主任为了息事宁人，同意了林子阳做这个手术。
杨娜为表示对陈海峰的谢意，准备了家常菜请陈海峰到她的小家来吃饭。陈海峰对杨娜的厨艺大家赞扬。临走的时候，杨娜约产海峰以后有空就来喝汤。杨娜投其所好，为陈总准备了他喜欢的片子，陈海峰感觉杨娜真是一个懂事的孩子。
王总打电话问杨娜进程怎么样了，杨娜告诉王总最近还没有机会得到他想要的消息.
骨癌患者的唯一亲友男朋友听说她得了骨癌，就再也没有出现在医院里。冷玉萱听说了这件事，对女孩深表同情。
冷玉萱告诉林子阳那个他接手的骨癌患者章小玉的男朋友只交了一千元的住院押金就不见了。章小玉没有父母，也没有其他亲属，林子阳要冷玉萱继续联系他的男朋友。
刘主任的老婆在外一科做护工，因为林子阳说话直爽引起了她的不满，她找到刘主任诉苦。刘主任劝老婆息事宁人，正说着医院的领导送来了三居室的钥匙，夫妻俩下班后高兴的一起去看房子。新房子里，夫妻二人兴奋的畅想未来。
恬恬告诉了林子阳准备分给他的三居室被分给了刘主任，林子阳去找院长质问。院长因为分房子没有经过他同意而批评了下面的人。政委进来说了刘主任的难处，和医院对林子阳的房子问题的决定。
按照医院规定，他是单身，只能住单身宿舍，没有三居室的条件。林子阳负气搬进了科里的会议室。冷玉萱又来劝告他，林子阳反问冷玉萱能不能把自己的房子腾出来给他住。冷玉萱亲自动手把冷玉萱的行李搬到了外面。
晚上，林子阳打电话给院长，告诉院长他要去他家拿钥匙，准备住进院长的办公室。
林子阳见了院子，直接问院长给钥匙还是让他走人，院长无奈只得拿出办公室钥匙给了林子阳。
院长打电话质问冷玉萱怎么做的林子阳的思想工作，冷玉萱正在陪老公和孩子看新房子。接到电话后，冷玉萱告诉陈海峰要去医院解决问题，陈海峰十分不理解冷玉萱的工作。
林子阳和两名硕士生助手还有恬恬几人正在院长办公室瞎翻乱看，冷玉萱走了进来，他赶走了几人，留下林子阳单独谈话。
冷玉萱坚持呆在院长办公室不走，林子阳笑她家庭不幸福，不然不会深更半夜不回家。两人针锋相对，互不相让。最后，林子阳投降了，决定搬出院长办公室。
